El Sistema Integral de Seguimiento de Ecosistemas Fluviales (SISEF) es una red de monitorización de ríos, arroyos y manantiales, cuyo objetivo final es proporcionar datos que permitan evaluar los efectos que el cambio global genera sobre los ecosistemas fluviales de montaña. SISEF cuenta con once estaciones para medir en continuo el caudal circulante y la temperatura del agua y otras cuatro estaciones terrestres dotadas con cámaras de fotos y sensores que miden, también en continuo, la luminosidad, la temperatura del aire, la humedad relativa y la presión atmosférica. SISEF se completa con una red de puntos (once) donde se caracterizan periódicamente las comunidades biológicas y otros indicadores del funcionamiento del ecosistema y otra red de puntos de caracterización hidromorfológica.

A lo largo de los últimos 10 años, el equipo de investigadores de IHCantabria ha ido desarrollando nuevas líneas de trabajo para el seguimiento del medio natural, basadas en el uso de nuevas técnicas y tecnologías, cuyos resultados resultan de aplicabilidad a la gestión de la región.
Estas líneas de trabajo incluyen el uso de sensores remotos para el análisis de la distribución de los hábitats de interés en la región, el seguimiento de especies invasoras , el seguimiento del estado de conservación y funcionalidad de ecosistemas estuarinos y la aplicación de técnicas de inteligencia artificial para la observación del territorio, así como el seguimiento de ecosistemas acuáticos continentales y sus especies piscícolas, el análisis de la estructura y funciones de los ecosistemas forestales, y el análisis de los principales servicios ecosistémicos del medio continental, tanto para la gestión del servicio forestal como para la adaptación a los efectos del cambio climático.